Qualora la roccia risultasse incoerente è necessario iniziare tutta la nostra procedura di preparazione con una sua impregnazione e successivo inglobamento mediante resine epossidiche.

Dopo essersi indurita la resisa, si può effettuare il taglio per ricavare un mattoncino di circa 20x30 mm e si procede alla spianatura della superficie interessata all'attacco al vetrino porta-oggetto.

L'attacco al vetrino porta-oggetto, opportunamente molato, avviene anch'esso mediante resina epossidica.

La fase successiva è quella della asportazione della maggior parte del campione, mediante macchinari appositi, lasciando solo una piccola parte di roccia che si andrà a lavorare nella fase finale della preparazione.

Tale fase prevede lo spianamento del campione, mediante polveri di Carburo di Silicio di grane via via più fini, fino al raggiungimento dello spessore desiderato.

Per essere sicuri di aver raggiunto il nostro obbiettivo, si analizza la sezione sottile al microscopio prendendo in analisi i colori che non sono legati al colore del minerale (assorbimento selettivo di certe lunghezze d'onda), ma all’interferenza dei due raggi che hanno attraversato con diversa velocità il cristallo ed escono “sfasati”. Questi colori sono i COLORI D’INTERFERENZA, che dipendono dalle proprietà del minerale (in particolare dalla sua "birifrangenza") ma anche dalla orientazione e dallo spessore del cristallo attraversato.

Ottenuto lo spessore voluto si passa dunque ad apporre un vetrino copri-oggetto sulla sezione sottile, oppure si procede con la fase della lucidatura per ulteriori analisi. 

Si può quindi procedere allo studio della sezione sottile per mezzo del microscopio, come da normativa europea UNI EN 12407.